Longue confession, Le Lys dans la vallée dépeint l’amour passionné et quasi incestueux d’un jeune homme au sortir de l’adolescence, Félix de Vandenesse, pour une femme mûre, Madame de Mortsauf. À travers elle, Balzac dresse le portrait d’une aristocratie décadente : héritiers de la maladie suspecte de leur père, ses enfants sont condamnés à une vie fébrile, tandis qu’elle leur sacrifie son bonheur. Félix n’a jamais connu ni l’amour maternel ni celui des femmes : attiré par l’entrave qui pèse sur le corps et la vie de cette mère, il s’ouvre à un érotisme étrange et morbide. Félix et Henriette, ces deux êtres qui souffrent, s’unissent pour opposer à la violence du monde le refuge d’un amour impossible. Parfois comparée à la princesse de Clèves, en raison de son refus de se donner à celui qu’elle aime, Henriette de Mortsauf en constitue véritablement l’envers monstrueux. Chasteté ne rime pas toujours avec vertu : alors que Félix épuise son ardeur à dérober cette volupté oppressée, le jeune homme est la proie du désir rapace que nourrit la maladie pour la santé, la mort pour la vie.
Pourchassant l’odeur obsédante du lys, Balzac débusque le désir jusqu’en cette vallée qu’on ne traverse qu’au prix d’une fièvre d’amour et d’agonie.