Dans un futur lointain, l'espèce humaine a colonisé la galaxie. Les intelligences artificielles qu'elle a créées ont fini par s'émanciper, enfantant des entités surpuissantes comme 3340 et Choronzon, de véritables dieux. 3340 a voulu conquérir l'univers, asservir l'humanité. Il a été vaincu par Calandria May, une mercenaire bio-améliorée ; mais le général Armiger, l'âme damnée de 3340, a réussi à survivre.
Réfugié sur la planète Ventus, Armiger y prépare la résurrection de son maître. Calandria May et un autre mercenaire, Axel Chan, sont envoyés pour l'empêcher de mener à bien son projet. Pour vaincre Armiger, ils devront percer le secret des Vents, ces entités intelligentes et meurtrières qui veillent jalousement sur l'équilibre écologique de Ventus.