En 1972, Stephen Jay Gould bouleversa, avec Niles Eldredge, l'orthodoxie darwinienne – autrement appelée la «théorie synthétique de l'évolution». Il formulait la théorie de l'équilibre ponctué : le changement, au cours des temps géologiques, ne s'était pas fait de manière graduelle, comme l'avait soutenu Darwin, mais par des phases de stabilité suivies de phases de changement rapides, permettant l'apparition de nouvelles espèces.
Depuis lors, cette théorie s’est imposée. Les espèces, loin de n'être que des segments de lignages arbitrairement définis, sont des entités réelles, soumises, à leur propre niveau, à des processus de sélection, de dérive aléatoire ou de changement directionnel. À l'instar d'individus, elles ont un moment où elles naissent (celui de la spéciation), une durée de vie donnée (plus ou moins longue, mais caractérisée par une absence de changement important), et un moment où elles meurent (celui de leur extinction). Bien plus, sur la vaste scène de l'évolution, les espèces jouent un rôle semblable à celui qui est envisagé traditionnellement pour les individus dans le cadre de la théorie darwinienne : elles peuvent s'éteindre pour de nombreuses raisons, et notamment parce qu'elles sont surclassées par d'autres espèces, au nombre desquelles, leurs propres descendants.
Comme les individus, elles présentent des aptitudes variables, en vertu desquelles elles réussissent inégalement dans la compétition qui les oppose. Telle est le bouleversement apporté par la théorie de l’équilibre ponctué.